Den tjeckiska statsoperan spelar i ett hus som invigdes med Wagners opera Mästersångarna i Nürnberg, 5 januari 1888, som den första tyska operahus i Prag - dessförinnan delade den tyska och den tjeckiska teaterföreningen scenen i Ständernas teater.

Den tyska operans förste direktör blev Angelo Neumann som lyckades locka till Prag många framstående dirigenter och sångare, under hans ledning fick operan status som en av de bästa i Europa.

Efter Neumanns död 1910 övertogs ledningen av Operan av Alexander Zemlinsky, en framstående dirigent och tonsättare som berikade repertoaren med  sina interpretationer av Mozarts operor och verk av bl.a. P. Hindemith och E. W. Korngold.

Under den tyska ockupationstiden stängdes operan och användes endast tillfälligt som gästscen för tillresta tyska ensemblen.

Efter andra världskrigets slut blev operan en del av Nationalteatern men fick 1992 åter sin självständighet som Statsoperan Praha.

I Prags opera uppträdde många berömda musiker, till exempel dirigenterna Gustav Mahler, Richard Strauss, Felix Mottl, Arthur Nikisch och Felix Weingartner samt solisterna Anna Bahr-Mildenburg, Berta Lauterer-Foerster, Maria Jeritza, Nellie Melba, Karl Burian, Enrico Caruso, Benjamino Gigli, Jan Kiepura, Richard Kubla och Tino Pattiera.